بُنيت الكنيسة الحالية بجهود أبناء الطائفة الأرثوذكسية في يافا بين عامي 1870 و1875م. وتتميز بجمال أيقوناتها التي تمزج بين الفن البيزنطي والمدرسة الروسية، وسقفها الخشبي المزين بزخارف دينية ونجوم تعكس دقة الفن في القرن التاسع عشر.

لم يكن تاريخ الكنيسة هادئاً دائماً، فقد خاضت الجمعيات الأرثوذكسية المحلية في يافا صراعاً قضائياً استمر لـ 25 عاماً للدفاع عن حق الطائفة في إدارة أوقافها وكنيستها. وانتهى هذا النزاع في عام 2010  باتفاقية تاريخية سجلت أرض الكنيسة (بمساحة 6115 م²) باسم الجمعية المحلية، مما ضمن بقاء الكنيسة مزاراً مفتوحاً ورمزاً للهوية العربية الأرثوذكسية في قلب يافا.